Sejarah berdirinya Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial tidak dapat dipisahkan dari adanya keinginan untuk memperluas bidang kajian di IAIN Sulthan Syarif Qasim melalui seminar Cendekiawan Muslim (1985), Seminar Budaya Kerja dalam Perspektif Islam (1987), dan dialog ulama serta cendekiawan se-Propinsi Riau tiga tahun berturut-turut (1996, 1997 dan 1998).
Seminar melahirkan rekomendasi agar IAIN Sulthan Syarif Qasim Pekanbaru membuka program studi baru atau program studi umum. Melalui keputusan rapat senat IAIN Sulthan Syarif Qasim tanggal 9 September 1998 dilaksanakanlah persiapan pembukaan jurusan/ program studi secara bertahap. Pada tahun akademik 2002/2003 jurusan-jurusan/ program studi umum di atas ditingkatkan menjadi fakultas yang berdiri sendiri. Kemudian berdirilah Fakultas Sains dan Teknologi, Fakultas Psikologi, Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial, dan yang terakhir berdirilah Fakultas Pertanian dan Peternakan.
Sejak berdirinya Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial (2003 s/d sekarang), fakultas mengalami pergantian pucuk pimpinan hanya satu kali, yaitu pergantian dari Drs. H. M. Djamil Lunin, Ak (Alm) yang meninggal pada tahun 2007 kepada Dr. Kirmizi, MBA, Ak.
Penerimaan mahasiswa pada Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial telah dimulai sejak tahun akademik 1998/1999 ketika masih berbentuk jurusan Manajemen dan Manajemen Perusahaan pada Fakultas Syariah sebanyak … orang.  Pada tahun akademik 2002/2003  jurusan Manajemen dan Manajemen Perusahaan statusnya ditingkatkan menjadi fakultas yang berdiri sendiri menjadi Fakultas Ekonomi dengan Jurusan/Program Studi Manajemen, Akuntansi dan Manajemen Perusahaan Diploma III. Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No. 56 Tahun 2006 tentang perubahan atas Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No. 8  tahun 2005 tentang organisasi dan tata kerja UIN Susqa Riau, maka nama Fakultas Ekonomi  berubah menjadi Fakultas Ekonomi dan Sosial. Dan berdasarkan Keputusan Dirjen Pendidikan Islam No. DJ.I/426/2007 tanggal 01 November tahun 2007 tentang Prgram Studi pada PTAI untuk penambahan penyelenggaraan program studi pada Fakultas Ekonomi dan Sosial,  yaitu :  Administrasi Perpajakan (D-III), Akuntansi (D-III), dan Manajemen Perusahaan (D-III).
Sejalan dengan kemajuan  Fakultas Ekonomi dan Sosial menyebabkan semakin meningkatnya minat masyarakat untuk masuk ke fakultas ini. Hal ini terlihat dari jumlah mahasiswa yang semakin meningkat dari tahun ke tahun.