Setelah beberapa tahun melakukan jenjang pendidikan Strata Dua, Program Pascasarjana UIN Suska mengajukan proposal pembukaan program S3. Aplikasi ini pun dikabulkan oleh Menteri Agama RI melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: PJ.II/198 / 2005, dengan Program Studi Hukum Islam. Pada tahun ajaran 2009/2010 dibuka konsentrasi Fiqh pada program studi hukum Islam untuk meningkatkan kualitas guru agama di Madrasah Tsanawiyah dan Aliyah. Dan tahun 2010/2011 Direktorat Jenderal Pendidikan Agama Islam Departemen Agama mem-berikan beasiswa terhadap guru PAI dan pengawas yang bertugas di sekolah-sekolah umum untuk melanjutkan studi ke jenjang strata dua (S2) pada program studi Pendidikan Islam (PI) dengan konsentrasi Pendidikan Agama Islam (PAI) di PPs UIN Suska Riau. Peserta tersebut disamping memperoleh beasiswa dari Departemen Agama tersebut juga mendapatkan asuransi kesehat-an.

Program Pascasarjana UIN Suska telah mengajukan permohonan pembukaan Program Studi Pendidikan Islam (S3) dan sudah dilaksanakan Visitasi. Selain itu ketiga program studi (Hukum Islam, Pendidikan Islam, dan Ekonomi Islam S2) telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Adapun program studi hukum Islam S3 sedang dalam proses akreditasi.

Penggemar Program Strata Dua (S2) dan Strata Tiga (S3) bukan hanya peserta dari dalam negeri, tetapi juga peserta dari luar negeri. Demikian pula dari segi jumlah peserta pun terus mengalami perkembangan. Pada 2005 peserta PPs tersebut baru berjumlah 206 orang, dan tahun 2011/2012 ini menjadi 546 peserta.

Sejak berdirinya sampai sekarang, PPs UIN Suska Riau telah beberapa kali mengalami pergantian pimpinan, sesuai dengan masa jabatan yang bersakutan. Mereka yang telah dan sedan memimpin adalah: